SMP Kristen Petra 5 adalah salah satu sekolah yang merupakan bagian dari PPPK Petra. PPPK Petra sendiri merupakah Perhimpunan Kristen yang didirikan pada 22 April 1951. Seiring dengan berjalannya waktu, minat dan perkembangan pendidikan sangat dibutuhkan di dalam masyarakat, sehingga pada tanggal 1 Juli 1987 didirikanlah SMP Kristen Petra 5 yang berlokasi di Jemur Andayani XVII/2. Drs. Onis Simus Musooli adalah kepala sekolah pertama di SMP Kristen Petra 5, beliau menjabat selama 10 tahun. Pada tahun 1998 kepemimpinan dilanjutkan oleh Drs. Budi Wijanto, yang bertugas selama dua tahun. Tahun 2000 dilanjutkan oleh oleh Bapak I Gusti Njoman Djoena, satu tahun kemudian dilanjutkan oleh Ir. Agus Kisworo, M.Pd hingga tahun 2004. Tahun 2004-2005 kepemimpinan dilanjutkan oleh Dra. Hanna Herawati. Sekolah SMP Kristen Petra 5 terus berkembang,  Dra. Hariati Santoso, M.Pd memimpin  hingga tahun 2009. Tahun 2009, Dra. Ni Nyoman Panji P.S., M.M melanjutkan kepemimpinan selama 7 tahun. Kepala sekolah SMP Kristen Petra 5 tahun 2016 hingga saat ini adalah Drs. Ngatmin M.Si.

Sesuai dengan Namanya “Petra” yang berarti Batu Karang, SMP Kristen Petra 5 juga mengalami pasang surut dalam mendidik anak-anak. Banyak perkembangan dan perubahan yang dialami selama 35 tahun mengabdi di dunia Pendidikan. Untuk saat ini SMP Kristen Petra 5 memiliki:

• guru : 36 orang (5 orang S2)
• karyawan : 11 orang
• UKS : 1 dokter umum
• 1 dokter gigi
• 1 suster umum
• 1 suster gigi
• pesuruh : 2 orang
• siswa : 428 siswa

Seiring dengan berjalannya hari, SMP Kristen Petra 5 semakin dikenal oleh orang, baik secara langsung maupun melalui media sosial. SMP Kristen Petra 5 juga banyak mencetak generasi unggul di bidang akademik mauoun non akademik.